El valor más destacable de este espacio, que justifica su declaración como Monumento Natural, es su modelado Kárstico, que ha dado lugar a la formación de una vasta red de galerías subterráneas, simas, dolinas, sumideros y surgencias configurando un espectacular paisaje.
El Proceso de Karstificación ocurre como resultado de la naturaleza calcárea de las rocas del sustrato, y consiste en la disolución de la roca por la acción, en este caso, del agua de dos ríos: el Guareña, que tras su confluencia con el arroyo de Entrambosríos, se sume en el Valle de San Bernabé y el Trema, que lo hace antes de llegar a Cornejo.
La importancia de este Complejo, radica no sólo en ser uno de los mayores de Europa, sino principalmente por ser un yacimiento arqueológico con registros que abarcan desde el Paleolítico Medio a la Edad Media, del que destacan: las muestras de arte rupestre paleolítico de la Sala de las Pinturas, los grabados de la Cueva de Kaite y las improntas de pies descalzos de la Sala y Galería de las Huellas, dejadas por un grupo humano paleolítico que realizó un trayecto de unos 400 m. de ida y vuelta por la cueva.
Estos valores motivaron que el Complejo Kárstico de Ojo Guareña fuera declarado en 1991 por la Junta de Castilla y León, BIEN DE INTERÉS CULTURAL.